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当事人对已经生效的判决，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审
上级人民法院对下级人民法院已经生效的判决，发现确有错误的，有权提审
各级人民法院院长对本院已经生效的判决，发现确有错误，认为需要再审的，提交审判委员会讨论决定
最高人民法院对地方各级人民法院已经生效的判决，发现确有错误的，有权指令下级人民法院再审
A.立案与侦查—审判—审查起诉—执行
B.执行—审查起诉—审判—立案与侦查
C.立案与侦查—审查起诉—审判—执行
D.执行—审判—审查起诉—立案与侦查
经过重新开庭对检察院所指控的挪用公款罪和贪污罪进行审理后，合议庭认为，指控马某挪用公款罪证据不充分，因而不能定罪。但是担心对此不予认定，检察院可能提出抗诉，为此合议庭将案件直接提交审判委员会讨论。审判委员会讨论后决定，揶用公款罪证据不足、不能成立，但贪污行为事实清楚、证据充分确实，应认定构成犯罪。合议庭根据此决定作出判决:判处马某犯贪污罪，处5年有期徒刑;关于挪用公款罪则作出了证据不足、指控罪名不能成立的无罪判决。宣判后，马某提起上诉，后来又在上诉期满后要求微回上诉。A市人民检察院对该一审判决未提出抗诉。二审法院审查马某撒回上诉的要求后认为，原判决正确无误，因此作出准许撒回上诉的决定书。
1998年3月，A市人民检察院又发现了马某挪用公款罪的新证据，并据此证据，按照审判监督程序向法院提出抗诉。法院对抗诉进行审查后，作出了再审决定。经过再审审判后，法院认为，马某犯有搏用公款罪，并处以相应刑罚，并将此刑期与原判决贪污罪之刑期按数罪并罚原则依法合并，决定了执行的刑期。
问题:本案中，检察机关、一审法院、二审法院以及再审法院哪些方面的做法违反了诉讼程序？为什么？
